Debido a su ubicación y orientación, en la Cuenca se registra una abundante precipitación pluvial en gran parte del año. Entre los ríos principales de la Cuenca Hidrográfica del Canal de Panamá están el Chagres, Gatún, Boquerón, Pequení, Cirí Grande y Trinidad.
La Ley 20 de 21 de junio de 2006 fue demandada por el abogado panameño Publio Cortés, quien alegaba que esta norma violaba la Constitución al no haber sido propuesta por la Junta Directiva del Canal de Panamá, que es la que tiene iniciativa legislativa.
El demandante también pidió la restitución de la Ley 44 de 1999 para restablecer los límites de la Cuenca Hidrográfica del Canal de Panamá y que otorgó una protección para la conservación de los recursos hídricos que se encuentran adyacentes. A inicios de este año, el administrador del Canal de Panamá, Ricaurte Vázquez, reiteró que un proyecto en río Indio descansa en el Ejecutivo.
Para expertos, hacer un embalse en río Indio es una de las propuestas que se estudia para obtener el vital líquido para el tránsito de buques y el consumo humano, pero debe tenerse en cuenta los límites legales de la cuenca hidrográfica del Canal y la posibilidad de construir embalses.
Desde septiembre de 2023 la junta directiva de la Administración del Canal de Panamá (ACP) habría entregado al Gobierno su propuesta, la cual, según Vázquez, tiene dos componentes: uno para que la vía fluvial tenga por ley una nueva cuenca que incluya al río Indio; y el otro, que se permita a la ACP hacer embalses para la operación del tercer juego de esclusas.
Al respecto, el nuevo ministro para Asuntos del Canal, José Ramón Icaza, aseveró que será prioridad en la administración del flamante presidente de la República, José Raúl Mulino, resolver el problema de la propuesta de río Indio, como una alternativa de solución a la crisis que enfrenta la vía luego de una intensa sequía.